La universidad se destaca por sus tres campus principales y por ser la segunda universidad pública más grande de Perú, superada únicamente por la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. La mayoría de sus escuelas y facultades están ubicadas en la Ciudad Universitaria de Independencia cuyo desarrollo fue ideado por el arquitecto Héctor Velarde en 1940, pero no se materializó hasta 1962, momento en que la universidad se descentralizó y se mudó a este nuevo emplazamiento. El diseño de la Ciudad Universitaria sigue un modelo académico inspirado en las enseñanzas de L'Ecole des Beaux Arts de París. Destaca por su simetría en la disposición de elementos y pabellones, lo cual ha influenciado el desarrollo de un estilo arequipeño con características neocoloniales, que ha tenido un impacto en otros centros educativos en Perú y América Latina. Sus orígenes se remontan a la Universidad Real y Pontificia Intra claustra, fundada el 22 de enero de 1714, y a la Academia Lauretana de Ciencias y Artes, establecida el 10 de diciembre de 1821.