La Universidad de Valparaíso, como universidad pública, es parte del Consorcio de Universidades del Estado de Chile (Cuech), del Consejo de Rectores de las Universidades Chilenas (Cruch), del Consejo de Rectores de Valparaíso (CRUV) y de la Agrupación de Universidades Regionales de Chile (AUR).

En materia internacional, cuenta con más de cien convenios con universidades extranjeras de manera bilateral que permiten el intercambio, mientras que multilateralmente pertenece a la Agrupación de Universidades del Grupo de Montevideo (AUGM), además de ser destino de estudiantes becados por las universidades de la Alianza del Pacífico.